São duas versões para a origem do futsal, ambas envolvendo a Associação Cristã de Moços. Em uma delas, o desporto começou a ser praticado por volta de 1940, por jovens frequentadores da Associação Cristã de Moços de São Paulo que, para compensar a falta de campos de futebol, improvisavam "peladas" nos campos de basquete e hóquei, aproveitando as traves usadas da prática desse último desporto. Na segunda versão, o futsal teria sido inventado em 1934, pelo professor Juan Carlos Ceriani Gravier, da ACM de Montevidéu, Uruguai, dando a ele o nome de "Indoor-Foot-Ball".
O número de jogadores, e as peculiaridades do jogo não foram estabelecidos de início, mas vão alterando-se ao longo do tempo. Antes das regras serem estabelecidas, praticava-se futsal com equipas de 5 a 7 jogadores. A bola foi sendo deixada mais pesada numa tentativa de reduzir a sua capacidade de saltar e consequentemente a suas frequentes saídas do campo. A "bola pesada" acabou por se tornar uma das mais interessantes características originais do futsal.
Em 1957 surgiu a primeira iniciativa de se formar as regras do desporto, através da criação do Conselho Técnico de Assessores de futsal, por Sylvio Pacheco, então presidente da Confederação Brasileira de Desportos, CBD.
Devido á sua praticidade, tanto no reduzido número de jogadores necessários em uma partida, quanto no espaço menor que exigia, o desporto rapidamente adquiriu crescente popularidade, atingindo outras localidades, gerando novos torneios e conquistando adeptos em todas as capitais do país. Em 28 de Julho de 1954 foi fundada a primeira federação do desporto no Brasil, a Federação Metropolitana de futsal, actual Federação de futsal do Estado do Rio de Janeiro, tendo Ammy de Moraes como o seu primeiro presidente. A Federação Mineira de futsal seria fundada nesse mesmo ano, seguida da Federação Paulista, em 1955, e das Federações Cearense, Paranaense, Gaúcha e Baiana, em 1956, a Catarinense e a Norte Rio Grandense, em 1957, a Sergipana em 1959. Nas décadas seguintes seriam gradualmente estabelecidas federações em todos os estados da União.